
Las cobayas maduran sexualmente alrededor de las 4 semanas de vida, el ciclo de la hembra se repite cada 15-17 días aproximadamente, siendo solo de 6-11 horas el periodo de tiempo en el que son receptivas al macho. La membrana vaginal se rompe el día anterior al celo y permanece abierta entre 3-4 días. Tras el apareamiento se forma un tapón de eyaculado que se desprende al día siguiente. El tiempo de embazado oscila entre 59-73 días, el promedio de bebes es normalmente de 2 a 5, pudiendo llegar hasta 7 en casos excepcionales. Para obtener una camada con crías genéticamente sanas y de calidad, los machos deben ser menores de 34 meses en su primera crianza. A la hora de la reproducción es importante tener en cuenta que no debe haber más de un macho en la misma jaula con la/s hembra/s, ya que podrían darse peleas serias.

Para llamar la atención de la hembra, el macho inicia sus actividades de cortejo ronroneando, moviendo el trasero de un lado a otro y dando vueltas a su alrededor; este comportamiento induce a la activación de las gónadas de la hembra produciendo una respuesta ante el cortejo del macho que hace que él la monte varias veces. Una vez queda embarazada el macho no volverá a montar a la hembra hasta que dé a luz. La mejor edad para cruzar a nuestras hembra será entre los 6 y los 8 meses, así tendrán las crías antes de los 8-10 meses y no correremos riesgos del endurecimiento de la sínfisis (cartílago que une los 2 huesos púbicos, que al llegar a la edad adulta se vuelve menos flexible) y por ningún motivo antes de los 4-5 meses ya que la cobaya es aún pequeña y está todavía en crecimiento y podríamos tener problemas de abortos y de partos prematuros. Una hembra pequeña dará hijos más pequeños, en cambio si la hembra se queda preñada por primera vez con 8 meses estará más desarrollada y sus hijos nacerán más sanos y grandes. Detectar si tu cobaya está embarazada no es tarea fácil, ya que por su naturaleza suelen ser barrigonas, aunque hay algunos signos que pueden ayudarte a confirmarlo:
Los primeros síntomas visibles de embarazo se muestran con la forma de pera que va adoptando la cobaya, ensanchando de forma notable las partes laterales de su vientre.

Otro síntoma notable de embarazo son las mamas, conforme va evolucionando el embarazo vemos como se van hinchando y se alargan preparándose para alimentar a las crías.
También puede ser que el carácter de tu peque cambie un poco, se ponga más arisca, no quiera que la cojas y veas que no está tan activa como de costumbre.
Alrededor del mes-mes y medio de embarazo, si todo va bien notaremos el movimiento de las crías. Para ello palparemos suavemente su barriguita.
La mayoría de las hembras preñadas empiezan a beber más agua de lo habitual a partir de la segunda o tercera semana de gestación.
Si sospechas que tu cobaya puede estar embarazada, ve controlando su peso semanalmente, este dato te puede ayudar, aunque a veces la subida de peso se corresponda más con el crecimiento y no con el embarazo. El movimiento fetal, ocurre aproximadamente entre los días 42-46 de embarazo. Para poder notar el movimiento de los bebés, basta con colocarse a la futura mamá en el regazo mirando hacia el frente, le colocamos las manos encima de la panza (sin presionar) y esperamos. En 1 o 2 minutos, notaremos algún golpecito y ya podremos estar seguros de que en 3-4 semanas tendremos pequeñas miniaturas correteando por nuestras casas. Uno de los problemas más graves que nos podemos encontrar durante la cría es la “Toxemia” que afecta sobre todo a hembras con sobrepeso en su primer o segundo embarazo. Algunas hembras afectadas podrían no mostrar señales de enfermedad y morir de repente. El primer síntoma es la pérdida de peso en una época en la que realmente deberían engordar (cosa que a veces pasa desapercibida), unido a la falta de ganas de comer y a la apatía. Pero lamentablemente cuando nos damos cuenta suele ser tarde (son más fáciles de detectar durante las últimas 2 semanas de embarazo o la primera semana siguiente al nacimiento). Otros síntomas a tener en cuenta son: Salivación, pelaje del cuello de punta, debilidad, inmovilidad, falta de coordinación de movimientos, respiración dificultosa.
Como medida preventiva es muy importante no hacer criar a hembras que estén obesas, además de proporcionarle a nuestra futura mama bastante ejercicio y evitar cualquier situación de estrés. No debe faltarle heno y agua fresca, así como que no debemos abusar del pienso. Tendremos que proporcionarle una dieta rica en nutrientes y no debemos olvidarnos de suministrarle Vitamina C y Calcio durante el periodo de gestación. Debemos proporcionarle plátano y alfalfa desde finales del embarazo hasta al menos la primera semana de lactancia.
Si logramos detectar la toxemia a tiempo, podemos intentar solucionarlo administrándole glucosa vía subcutánea (esto deberá hacerlo el veterinario).
Cuando el embarazo se acerca a su fin es hora de comprobar la apertura de los huesos pélvicos. Éstos se empiezan a separar aproximadamente unos 10 días antes del parto aunque sabemos de casos en que se ha producido mucho tiempo antes y otros en los que se han abierto 4 o 5 días antes del parto. Será importante pues, saber dónde y cómo localizamos dicha apertura.

En cuanto a cómo palparlos es sencillo: no es necesario ni coger a la cobaya (estamos hablando de la recta final del embarazo y cuanto menos manipulemos a la voluminosa futura mamá, mejor que mejor), simplemente la inmovilizamos con una de nuestras manos para que no se mueva y pasamos el dedo índice o corazón de la otra mano por debajo de la parte trasera de la cobaya, entre las patas traseras. Con el dedo tocamos por la zona que queda justo por delante de la zona genital (lo que correspondería al pubis en los humanos) y presionando muy ligeramente notaremos un hueso único (en caso de no haber comenzado la separación) o bien dos huesos separados por una apertura mayor o menor en función de la cercanía del parto. Cuando la separación pélvica sea de 1 a 2,5 centímetros (varía en función de la cobaya) sólo queda esperar que en 1 a 3 días nazcan los bebés.

A veces, la primera contracción ya provoca la salida de la cabeza de la primera cría aunque en ocasiones hacen falta dos o tres contracciones más pero, si tenéis la suerte de asistir a un parto de cobaya, veréis lo fácil que es todo. Si estáis ahí delante, no hará falta que intervengáis. Hacedlo solamente si veis que, tras nacer alguna de las crías, la madre no la ve o la ignora durante unos segundos, si es así y la cría ha salido envuelta en la bolsa amniótica (suele ser así), sin miedo, con vuestros dedos romped la bolsa amniótica a la altura de la boca, esto hará que automáticamente empiece a respirar. Seguramente la madre acudirá enseguida hasta que nazca el siguiente bebé.
Normalmente pasan unos minutos entre bebé y bebé pero a veces dos bebés nacen seguidos y la madre sólo acude a uno de ellos por lo que nuestra intervención será necesaria para que el otro bebé pueda respirar mientras espera su turno de limpieza. Si veis que al romper la bolsa el bebé no empieza a respirar inmediatamente cogedlo y dadle una pequeña sacudida, suele ser suficiente para hacerlo reaccionar. En un intervalo de 10 a 30 minutos suelen haber nacido todas las crías de la camada y una señal de que no habrá más bebés es que en las últimas contracciones de la madre, ésta expulsa las placentas, una por bebé. La placenta tiene el aspecto de un trozo de carne roja que casi siempre la madre se come por instinto (le ayudará a reponer fuerzas y eliminará restos y olores del parto).
Si veis que el parto no progresa o que la madre sufre en exceso y los bebés no nacen, no lo dudéis, llamad a vuestro veterinario porque está en juego la vida de la madre y los bebés.
Afortunadamente, la inmensa mayoría de los nacimientos transcurren sin problemas.
Hay partos con sangre y partos casi limpios por completo pero, en cualquier caso, al cabo de un par de horas, la madre, los hijos y el lugar del parto estarán impolutos gracias al afán que pone la hembra en limpiarlo todo. También deberemos tener cuidado ya que la hembra justo después de parir tiene un celo (celo post-parto) y si el macho estuviese con ella podría dejarla preñada de nuevo, lo cual no es nada recomendable puesto que no tendrá un descanso entre camada y camada.
Las hembras necesitan un descanso de 4-6 meses para que recupere su estado normal puesto que debido a la dilatación que ha sufrido durante el embarazo la musculatura de la zona abdominal se tuvo que separar y necesita un tiempo para volver a colocarse. Además de esto durante la lactancia de la crías la hembra sufrió un desgaste físico importante y necesita recuperarse.El embarazo y el parto son difíciles para las cobayas, los bebes nacen grandes y totalmente formados, listos para correr.La madre normalmente lleva varios cachorros y su peso puede duplicarse, poniendo énfasis en su sistema circulatorio y otros órganos .Incluso con la mayor atención las hembras pueden sufrir de distocia, hipocalcemia, un prolapso de útero o la ya mencionada toxemia.Las crías de cobaya nacen relativamente maduras, son pequeñas pero completas, están cubiertas totalmente de piel y pueden andar. Tienen un peso al nacer de entre 75 y 125 gramos. Además tienen dientes, los ojos abiertos y oyen perfectamente, incluso pueden comer comida sólida y beber agua del bebedero. No obstante, deben ser criados y cuidados por la madre durante, al menos, dos semanas. Si nuestra cobaya ha tenido una camada muy numerosa (más de tres bebés) (la hembra sólo tiene dos mamas) o algún bebé muy pequeño (los bebés deben pesar al nacer entre 65 y 100 gramos por lo que un bebé de menos de 60 gramos se considera demasiado pequeño y puede resultar complicado que salga adelante por sus propios medios) o, por desgracia, ha muerto tras dar a luz, nos tocará ayudar a los pequeños a salir adelante.

Se les puede ayudar dándole la leche para gatitos con calostros que puede resultar de ayuda para resolver situaciones de este tipo. En los casos de bebés muy pequeños también puede ayudar darles papilla de verduras con un cuentagotas o jeringuilla. Cuando alimentemos artificialmente hay que tener cuidado de no provocar la asfixia del bebé. Deberemos poner gota a gota en la boca y que el bebé vaya tragando por su cuenta y a su ritmo, extremando las medidas de seguridad en cuanto a temperatura, sobre todo.
Cuando todo va bien, los bebés mamarán de su madre aproximadamente durante un mes aunque la frecuencia de mamar irá disminuyendo hacia la segunda-tercera semana. Muchos criadores aconsejan separar de la madre a los machos antes de ese plazo ya que no es tan extraño que los bebés machos maduren sexualmente a una edad muy temprana y antes del mes dejen preñada a su propia madre.

A las seis semanas, aproximadamente, pesarán unos 350 gramos, siendo conveniente ya la separación por sexos en este momento.